胃食管反流目前仍以药物治疗为主，针对本病发病机制，应用抑酸药、黏膜保护药及促动力药三类药物，三类药物联合应用的疗效最佳。

　　抑酸药中，质子泵阻断药如奥美拉唑(洛赛克)、埃索美拉唑等的疗效明显优于法莫替丁、雷尼替丁等H2受体阻断药。单用上述一类或联用两类药物的疗效不如三联疗法。药物治疗取得明显疗效，基本上控制反流症状后还该坚持多久，目前尚无一致的专家共识。但胃食管反流是一种慢性病，如取得疗效后过早停药，则很易在短期内复发。多数学者认为食管下段括约肌张力下降是本病发病及复发的重要机制，过早停药后，由于此括约肌张力尚未能得到根本改善，故约80%病例在6个月内复发。因此，大多数病例需长期维持治疗。有学者认为，维持治疗开始时间应在正规药物治疗8周以后，因此时不仅反流症状已完全控制或消失，而且通过胃镜复查食管黏膜炎症改变大多也已修复。维持治疗中除抑酸药外，仍应联用多潘立酮(吗丁啉)、莫沙必利等促动力药，抑酸剂药量可降为治疗量的半量，通常也可达到满意效果。关于维持治疗时间尚不确定，只能视患者的具体情况及病情而定，至少需维持治疗4周，此后如症状复发，应重新开始药物治疗。

　　按亚太地区关于胃食管反流的学者共识，本病的治疗目标为：控制反流症状，愈合食管炎症，维持病情缓解，改善生活质量及预防并发症。改变饮食习惯，控制某些饮食，控制烟酒，减肥，睡觉时抬高床头等调整生活方式措施是本病治疗的第一步，且应贯穿在整个治疗过程中，许多轻症病人由此即可获得症状控制，不一定需要特殊药物治疗。

　　胃食管反流除药物治疗外，必要时还可手术治疗。近年来，经腹腔镜胃底折叠术逐步成了最常采用的抗反流手术方式，其疗效已被证实。有学者认为此手术不但适用于内科治疗失败的胃食管反流患者，且对确诊为本病而不希望长期服药或反复服药，或不愿改变生活方式的患者，也可作为一种慎重的选择。