中国协和医科大学与清华大学合作办学，两所大学并未合并，"北京协和医学院-清华大学医学部"和清华大学是两所大学。

　　北京协和医学院（Peking Union Medical College, PUMC）是洛克菲勒基金会（旧又译：罗氏基金会）在中国最大、最著名，也是它最得意的一项投资，北京协和医学院从1915年起开始筹建，1916年选址动工，1921年举行落成典礼并正式命名。它将美国当时最先进的约翰斯·霍普金斯医学院的教学计划和办学经验移植到中国来，把培养高质量、高水平的医学人才作为办学宗旨，形成一整套独具特色且行之有效的教学制度和方法。

　　鸦片战争之后，随着帝国主义势力的进入，许多西方商人、传教士和医生来到中国，很多人纷纷设立医疗机构，扩大西方文明在华影响。到20世纪初期，许多背景为英美等国的医院和医学校已陆续建立起来了。义和团运动时，一名原先在内蒙行医的英国伦敦会医生科克伦，逃到北京开设诊所。后来通过行医关系，科克伦博得了慈禧太后及其亲信太监李莲英的好感，并得到了慈禧捐助的白银一万两。1906年，伦敦会与英国、美国其他五个教会合作开办了“协和医学堂”，这就是协和医学院的前身。

　　辛亥革命前后是我国近代教育体制重大转变的时期，封建科举制度被废除，近代西方教育制度被引入，就医学教育而言，国家、地方、及私人开办的新式医学校陆续建立，教会及外人办的医学校在调整和扩充。正值此时，远在大洋彼此岸的一位美国石油大王也对中国的医学事业发生了浓厚的兴趣，他就是大名鼎鼎的商业巨头洛克菲勒。当时，洛克菲勒正在美国拨巨款兴办医学事业，作为慈善投资。不久，他对中国这个最后向世界开放的人口众多的大国发生了兴趣，愿意投资于传教、慈善事业和医学教育。为此，在1909年、1914年和1915年，洛克菲勒曾三次派出考察团到中国进行广泛的考察，其考察内容包括社会状况、教育、卫生、医学校和医院。最终，考察团建议在中国的首都北京创办一所高水平的医学院。根据这一建议，洛克菲勒于1914年拨款设立中华医学基金会全力支持这一事业。

　　1915年，洛克菲勒基金会以20万美元从伦敦会购得原协和医学堂的全部产业，又以12.5万美元购得东单三条胡同原豫王府全部房地产。随后，洛克菲勒基金会投入巨资进行新校的建设。新校和医院房屋的设计建筑都由美国人负责，从1917年到1921年，建筑工程进行了4年之久。原预算为100万至150万美元，结果共耗资750万美元。学校全部建筑外部造型为宫殿式，画栋雕梁，琉璃瓦顶，均为高级建筑材料。而内部则为现代化装备，病房、教室、实验室等均符合实用需要。学校有独立的完整的动力系统，电力、水暖、冷冻、煤气、自来水、压缩空气系统等一应俱全。除学校建筑群之外，还在附近外交部街及北极阁两处建有小楼30余座，供高级教职员居住，并有学生宿舍，共55幢建筑。此外，洛克菲勒基金会还为新校物色了一批教学人员，他们多数来自英、美、加拿大，其中也有一部分中国人。这是一项重要的工作，直接关系到学校的质量。从接办到1921年期间，共聘请了151名高级人员，其中外国人共123名，中国人中有25名曾在国外接受教育。

　　1921年9月，当新校建筑完成之后，协和医学院举行了隆重的开幕典礼。除本校教职员工学生外，参加的还有洛克菲勒基金会和中华医学基金会的代表、中国政府的代表和社会名流，以及世界各国的一些著名大学校长、教授和医学团体负责人。

　　协和医学院步入正轨后，由于受当时美国医学教育改革潮流的影响，其办学模式基本上是以美国著名的约翰斯·霍普金斯医学院等为榜样。为培养高水平的医学人才，该校实行八年学制，包括三年医预科。在培养医本科人才的同时，还开办了高级护士学校。在人员的选拔方面，协和医学院的要求极为严格。在强调重质量而不重数量原则的指导下，该校每年招收医学生和护士学生均不超过30人。因为学校当初的设计规模仅为每年25名，最多不超过50名。医学生入学后还有严格的淘汰制度，特别是在第一、二学年，由于学习成绩差或健康等原因而留级或转他校者，往往占入学人数的三分之一或更多；学生的录取不仅凭入学考试的分数，还要参考其医预科的学习成绩和推荐情况。学生每一门学科的学习亦不单凭一次大考，而要参考平时经常性的测验和教师对学生学习和工作态度的观察。可以说，无论是考入协和还是在这里完成学业，都是非常艰苦的。不过这也是与其身价相匹配的，因为协和是在美国纽约州立案的，其毕业生的羊皮文凭上有纽约州长的亲笔签名。

　　在教学方面，协和从开办之初即明确要用英文教学，其理由是英文可以直接吸收世界医学知识，也是进行国际交流的必要工具。另外，该校强调启发式教学，理论结合实践。学生从本科一年级起，就有机会得到关于科学实验研究的初步训练，如生理学、微生物学、病理学等科，均安排学生做一些实验室研究和动物试验。在教师指导下，学生学习查阅文献、写综述、独立设计实验、收集和分析资料，写出英文论文，目的是使学生对科学研究工作有初步的认识。更难得的是，为了培养专才，协和每年都会有计划地派遣一些已有数年工作经验的优秀青年医师、教师和护士到欧美各国进修深造，一切费用均由学校负担，一般为期一年或两年，期满返校继续任职。这种制度为青年医师和教师提供了提高业务水平和更新知识的良好机会。

　　1930年，协和医学院获中华民国教育部认可立案。

　　1941年太平洋战争爆发后，由于美日处于战争状态，其医学院、医院和护士学校相继停办。1942年初，协和医学院被日军占领而被迫关闭，但中华医学基金会仍一直为协和医学院图书馆订购所有外文有关科技期刊杂志，并继续支持内迁至成都办学的护校。1945年日本投降后，中华医学基金会与协和医学院校董事会派代表从日军手中收回全部校产，重建协和医学院。医学院于1947年复校。医学院设医本科，五年制。学院设有解剖学系、生物化学系、生理学系、药物学系、病理学系、细菌学免疫学系、内科学系、小儿科、皮肤科、梅毒科、神经精神病科、外科学系、产科学系、眼科学系、放射学系、公共卫生学系及一个中文部。

　　中华人民共和国成立后，该校由中央人民政府接管，并更名为中国协和医学院。1957年，并入中国医学科学院。1959年，经国务院批准，在原协和医学院基础上成立中国协和医科大学。2002年9月，教育部、卫生部两部领导签署了清华大学与中国协和医科大学紧密合作，共建“清华大学北京协和医学院”的协议。………2006年9月5日，“教育部、卫生部共建北京协和医学院-清华大学医学部大会暨揭牌仪式”在北京人民大会堂隆重举行。目前，北京协和医学院由中国教育部和卫生部双重领导，与中国医学科学院实行院校合一的管理体制，设有19个研究所、6个医院、4个教育学院、1个研究生院及实验动物学部。

　　纽约中华医学基金会作为洛克菲勒基金会的一个部分，成立于1914年，1928年改为独立法人，主要是向北京协和医学院提供资助。1951年起停止资助，1980年后重新支持中国医学教育。除协和医学院外，洛克菲勒基金会及其中华医学基金会还对湘雅医学院、国立中央大学医学院、北京医学专门学校、山东齐鲁大学医学院、上海圣约翰大学医学院、香港大学医学校、上海医学院等学校给予过经济资助。也援助过芜湖总医院、南京大学医院、苏州医院、上海红十字会总医院等医疗机构。还支援了中国某些学校和医院的人员到协和医院或到国外进修的机会，通过赠予中国教会医学会（博医会）和中华医学会经费，支援医学名词委员会统一医学名词、翻译医学文献及出版工作。中华医学基金会还支援过定县的农村卫生事业和在周口店开展的古生物学研究工作等，可见中华医学基金会已渗透到中国医学事业的各个领域，对我国近代医学教育和医药卫生事业有着重要的影响。