先天性心脏病的病因学目前尚不完全清楚。但随着目前分子生物学的进展，人们发现先天性心脏病不一定有遗传起因，但某些先天性心脏病病人与遗传有关，父母有心脏病，孩子不一定有心脏病;父母没有心脏病，孩子不一定就不会有先天性心脏病。

　　先天性心脏病不属于遗传性疾病，但有些家庭有多个子女患不同种的先天性心脏病，或多个堂兄弟姐妹患病。一般来讲支属中有一个患先天性心脏病，则其他人患病的机率上升3倍(3%)，两个成员患病则机率上升为9%，如果三个成员患病，则其他成员患先天性心脏病的可能性上升至50%。

　　一些染色体异常的疾病常伴有先天性心脏病，如大家多见的先天愚型(唐恩氏综合征，即21三体综合征)约50%患先天性心脏病，其中心内膜垫缺损及室间隔缺损分别占32%及29%，其次为房间隔缺损占11%，法四联症占7.9%,动脉导管占未闭占6.7%。18三体综合征约90%患先天性心脏病，主要为室缺、动脉导管未闭等。

　　近来由于分子生物学的进展，发现越来越多的先天性心脏病有共同基因的缺失。

　　单纯房间隔缺损大部分呈多基因规律，先症者同胞和子女的再显风险率为2.5%--4.6%。少数家族中可见连续数代均有本病病人的情况。单纯室间隔缺损呈多基因遗传，先症者同胞的再显风险为3.3%--4.4%，子女为3.7%-4%。先症者同胞中单纯室间隔缺损和室间隔缺损合并其他心脏畸形的发生率比一般人群高10-20倍，一致性病损为30%-60%。动脉导管未闭呈多基因规律，子女再显风险率为3.4%-4.3%,同胞为2.6%-3.5%。一致性病损占50%。法四联症为多基因遗传，病人子女的再显风险率3.0%-4.2%,同胞为2.5%-3.0%，一致性病损小于50%。不一致的病损以室缺、肺动脉狭窄和大动脉转位最通常。