脑CT检查显示脑梗塞病灶的阳性率为66.5%-89.2%，面对初期脑出血的阳性率为100%，因此，早期CT扫描阴性有助于排除脑出血、硬膜下血肿、脑脓肿、瘤卒中等。而有些脑血栓病人有临床表现，但CT扫描可为阴性，其主要原因有：
（1）限于现有的CT性能和设备条件。
（2）病变部位、大小的影响。病变位于脑干、小脑，可受骨性因素的影响而为阴性。小于8毫米的梗塞灶，难以为CT分辨，可为阴性。又比如，有人对多发性脑梗塞，进行CT和磁共振成像对照检查，其中经磁共振成像证实的23例脑干梗塞和13例小脑梗塞，而CT检查未能发现其病灶。
（3）发病至CT扫描的间隔时间因素。发病后3天内扫描结果可为阴性，因为于发病后4-14天CT扫描阳性率最高，显示最佳。2-4周则呈等密度现象（称为模糊效应），CT扫描则呈假阴性。4周后密度渐下降，达脑脊液密度为止。2月后，坏死组织被清除，留下低密度囊腔，病侧脑室扩大。因此，对脑梗塞的CT扫描一定要掌握时机。
（4）与病变的发展速度有关。有些病人可能因为血管闭塞的缓慢或已有侧支循环建立，其血运并非突然断绝，病变区脑组织尚未达到缺血坏死，或未达到CT所能显示的密度改变，但局部脑组织因血液低灌流而出现脑功能障碍，出现临床症状、体征。
　　所以，临床表现局灶性脑损害的病人，CT 检查阴性者，要仔细分析有无上述因素的存在，正确运用加强剂，必要时复查CT或行磁共振成像检查。