该书在针灸理论上，除了强调：“上工治未病”之病，即要求一位高明的针灸医生要学会运用针灸来达到保健预防疾病之目的。他所指出的“中工刺未成”则是强调仅能做到疾病早期治疗者，也只能算作一位比较好的针灸医生——中工。这表现了该书对预防疾病和提倡早期治疗的重视。然后，他以“下工刺已衰，下工刺方袭”，将不能做到预见和早期诊断治疗的针灸医生则一概称之为下工、下下工，视之为不合格的针灸医生。这一先进思想促成了中国历代针灸医生的勤奋学习和为发展针灸作出了重要贡献。同时，该书还对针灸用针之形状制作、针灸之禁忌、针灸经络、孔穴部位之考订、针灸的临床适应症、针灸操作方法，以及临床经验的总结等进行了系统的论述。系统整理考订针灸穴位。该书对针灸穴位之名称、部位、取穴方法等，逐一进行考订，并重新厘定孔穴之位置，同时增补了典籍未能收入的新穴，使全书定位孔穴达到349个，其中双穴300个，单穴49个，比《内经》增加189个穴位，即全身共有针灸穴位649个。

　　在此之后穴位数虽每有增减，但该书为之奠定了可靠的基础。关于穴位的分布，该书采取了分区记述的方法，如头部分正中，两侧再分五条线与脑后各有穴若干；面部、耳部、颈部、肩部各有穴若干；胸、背、腰、腹部分之正中，两侧各线各有穴若干；四肢部分三阳、三阴各有穴若干。虽然未完全按经络叙述穴位，但部位明确，相互关系清楚，有利于学习和临床运用，该法为历代中外学者所沿用。系统论述经络学说。经络学说是一个至今尚未证实其客观存在的系统，但2000多年来其理论学说一直指导着中医学、针灸学之诊断和临床治疗，并每获佳效。这一系统的径路、走行方向、与穴位关系等在针灸学的发展上每有不同观点，《甲乙经》在晋以前医学文献的基础上，对其进行了比较全面的整理研究，对人体的十二经脉、奇经八脉、十五络脉以及十二经别、十二经筋等之内容、生理功能、循行路线、走行规律以及其发病特点等作了传统理论的概括和比较系统的论述，成为后世对此学说研究论述的依据。关于针灸疗法的适应症。哪些疾病适合运用针灸治疗，这是针灸临床的一个重要问题，对选择治疗方法是十分必要的。