中医认为，柴胡性微寒，味苦。归肝、胆经，有和解表里、疏肝升阳功效。常用于感冒发热、寒热往来、胸胁胀痛、月经不调、子宫脱垂、脱肛等。药典推荐日用剂量为3〜9克。中医用柴胡组成许多复方，如治疗肝气郁结所致的胸胁胀痛、头晕目眩、耳鸣及月经不调的逍遥散 ;治疗气虚下陷所致的气短、倦怠、脱肛等证的补中益气汤;治疗乳腺小叶增生及肝气不舒、胸胁痞闷、食滞不清、呕吐酸水的柴胡疏肝散。

　　最著名的是两个以柴胡为主命名的方子：小柴胡汤和大柴胡汤。小柴胡汤解表散热、疏肝和胃，用于外感病，邪犯少阳证(中医证型，主要可见往来寒热、胸胁苦满、不欲饮食、心烦喜呕、口苦、咽干、目眩等症状)。而大柴胡汤则是由小柴胡汤与小承气汤两方加减合成，主治少阳阳明合病(中医证型，除少阳证的表现外，还有大便不解或胁热下痢等)。这两个方子常被用于肝、胆等消化系统疾病和部分免疫系统疾病的临床治疗中。

　　柴胡挥发油有抗感冒病毒及解热活性，因而早在抗战时期就被八路军的卫生人员做成柴胡注射液。其他用柴胡开发的中药成药有柴胡片、护肝片、鼻窦炎口服液、鼻渊舒口服液、逍遥丸、逍遥散、血府逐瘀口服液、正柴胡饮冲剂、龙胆泻肝丸系列、五灵丸等。

　　正品柴胡分北柴胡和南柴胡两种，分别为伞形科植物柴胡或狭叶柴胡的干燥根。春季或秋季挖取根部，去净茎苗、泥土，晒干即为柴胡药材。炮制时需切短节，生用、酒炒或醋炒。

　　北柴胡药材呈长圆锥形或圆柱形，长6〜15厘米，直径3〜8毫米。根头膨大，顶端残留3〜15个茎基或短纤维状叶基，下部分枝。表面黑褐色或浅棕色，具纵皱纹、支根痕及皮孔。质硬而韧，不易折断，断面纤维性(柴性)，皮部浅棕色，木部黄白色。气微香，味微苦。

　　南柴胡药材根较细，圆锥形，顶端有多数细毛状枯叶纤维，下部多不分枝或稍分枝。表面红棕色或黑棕色，靠近根头处多具细密环纹。质稍软，易折断，断面略平坦，不显纤维性。有香气或败油气。

　　我国有30多种柴胡属植物，很多种在不同地区入药，但均不能代替正品柴胡使用，有的甚至有毒。容易混淆的如大叶柴胡，其含毒性成分不能服用。

　　柴胡药材均以身干、条粗长、整齐，无残留茎叶及须根者为佳，凡虫蛀、发霉、细小者，质次。