《瘟疫论》，又称《温疫论》，是中国第一部系统研究急性传染病的医学书籍。作者为明清之际的医学家吴有性。

吴有性于崇祯十五年(1642)撰成《温疫论》，据《四库全书总目》载，《瘟疫论》2卷，补遗1卷，版本主要有清初刻本、四库全书本等。上卷载论文50篇，阐述瘟疫之病因、病机、证候、治疗，并从多方面论述温疫与伤寒的不同。下卷载文36篇，着重论述温疫的兼证，有数篇论述温疫名实和疫疬证治。

《温疫论》一书提出了当时对传染病的称呼疫病的病因是非其时而有其气。《温疫论》认为伤寒等病是由于感受天地之常气而致病，而疫病则是感天地之疫气致病。《温疫论》将瘟疫与其他热性病区别开来，从而使传染病病因突破了前人六气学说的束缚。《温疫论》在我国第一次建立了以机体抗病功能不良，感染戾气为发病原因的新论点。

《温疫论》指出戾气的传染途径是通过空气与接触，由口鼻进入而致病。《温疫论》中还指出戾气有特异性，只有某一特异的戾气才引起相应的传染病。该书还认为疗疮、发背等外科病是由于杂气感染，而不是由于火。《温疫论》首次把外科感染疫病与传染病的病因划入同一范畴。

《温疫论》也十分重视机体抵抗力的重要性。该书认为：正气充满，邪不可入，机体抵抗力强，则虽有接触传染的可能，但不大会发病。假如本气适逢亏欠，呼吸之间，外邪因而乘之，机体抵抗力减低，又受到传染，则可以发病。

《温疫论》还提出了传染病的传染途径是有天受，有传染。天受就是空气传染，传染就是接触传染。所以书中注明凡人口鼻通乎天气呼吸之间，外邪因而乘之。《温疫论》认为传染病流行形式可以是大流行，也可以是散发的。

《温疫论》在传染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量论述都十分科学。尤其在17世纪中叶细菌学出现之前，《温疫论》提出了：夫温疫之为病，非风非寒，非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感，这种异气即戾气。这种学说是十分先进的。《温疫论》对温疫的免疫性的论述也确是十分令人敬佩。书中说：至于无形之气，偏中于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟；鸭瘟，岂但人疫而已哉?然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异。真是一段绝妙的阐述。

《温度论》记载了不少治疗传染病的新方法。如书中认为传染病初起宜用达原饮，等到病深；些，即所谓邪毒犯胃时，即不厌急证急攻。这些方法都为后世传染病的治疗奠定了基础。

《温疫论》对后世的影响很大，清代一些著名医家如戴北山、杨栗山、刘松峰、叶天士、吴鞠通等，都或多或少地在《温疫论》的基础上有所发挥，有所创造。我国历代医家在与传染病斗争的实践中创造了温病学说。温病学说，渊源于《内经》，孕育于《伤寒论》，产生于金元，成熟于明清。在温病学说的发展过程中，《温疫论》作为我国第一部治疗传染病的专著的贡献是很大的。直至今天，我国应用温病学说的理、法、方、药治疗一些传染病，如流行性乙型脑炎、流行性感冒、麻疹、猩红热、痢疾等，取得了很高的疗效。而其中很多地方就是继承和发扬了《温疫论》的理论和经验。