感染HBV后，病毒持续6个月仍未被清除者称为慢性乙肝感染。感染时的年龄是影响转归的最主要因素。由于免疫系统发育不成熟，新生儿和婴幼儿时期感染乙肝病毒的人，开始多处于免疫耐受期，多数没有肝炎表现，但是也不能清除病毒，因而分别有90%和25%~30%发展成慢性感染。在青少年和成人期感染乙肝病毒，一般无免疫耐受期，早期即为免疫清除期，表现为急性肝炎，仅5%~10%发展成慢性。

    乙肝虽有明显的自愈倾向，但是少数乙肝又是非常顽固的，本人亲自见过80多岁高龄的乙型肝炎患者。无论婴幼儿时期或成人时期感染乙肝，进入慢性期以后可表现为慢性乙型肝炎，或无症状慢性携带状态，两者可以互相转化，或者最后清除病毒，获得痊愈。儿童和成人HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者中，于5和10年后分别有50%和70%发展为无症状携带状态。但是有些患者可有肝炎反复发作，最终发展为肝硬化。据估计慢性乙型肝炎患者中肝硬化的年发生率为2.1%。如果没有有效治疗，慢性乙型肝炎、代偿期和失代偿期肝硬化的5年病死率分别为0%~2%、14%~20%和70%~86%。

    乙肝病毒感染是肝癌的最重要的原因。在慢性乙型肝炎患者中，肝癌的年发生率约为0.48%。HBsAg和HBeAg均阳性者的肝癌发生率显著高于单纯HBsAg阳性者。肝硬化患者发生肝癌的高危因素包括男性、年龄、嗜酒、黄曲霉素、合并丙型和丁型肝炎病毒感染、持续的肝脏炎症、持续HBeAg阳性及HBV DNA持续高水平 (≥10⁵拷贝/ml )等。在6岁以前感染乙肝的人群肝癌的发生率高于6岁以后感染的人群。

    鉴于部分慢性乙肝感染者有转化为肝硬化、肝癌的可能性，慢性乙肝感染者应定期到医院检查，每年至少检查1~2 次。出现异常，立即检查。由于已经有的多种有效的抗乙肝病毒药物，只要及时诊断和治疗，就有可能延缓和阻止肝硬化、肝癌的发生。